En las capitulaciones de Granada del 8 de diciembre de 1526 se estableció que , tras fundarse la ciudad de Mérida, se construirán dos fortalezas para resguardarla. No se cumplió lo mandado. En cambio, en los vestigios de la más amplia pirámide maya de Tho, se levantó un convento franciscano. La antigua edificación servía de basamento para cuatro construcciones que contenían un patio ceremonial y otro al poniente. Era, qué duda cabe, el lugar más a propósito para levantar un convento que albergara a los evangelizadores. El convento se consagraría a la Virgen de la Asunción, cumpliéndose así con la provisión de que una virgen sea que la ocupe el sitio de la idolatría. Es la virgen quien pisa la serpiente y ella es la indicada para acabar con los cultos paganos. Sin embargo en Mérida se le llamó siempre El Convento Grande de San Francisco. Ahí estaban la capilla de San Francisco, la de la Soledad de la Madre de Dios, la de San Cristóbal –antecesora del actual templo consagrado a Nuestra Señora de Guadalupe-,las capillas de San Luis, el Santo Nombre de Jesús, San Diego y San Antonio de Padua. El convento fue también escuela y hospital.
Pero he aquí que las constantes controversias entre los franciscanos y los militares dieron lugar a sucesos. Así fue como se pretendió hacer realidad la antigua ordenanza de establecer un fuerte para resguardar a la población de un posible ataque de piratas. Eran los tiempos que prevalecían las leyendas sobre Lauret Graff, Lorencillo. Por eso se levantaron los murallas de Campeche. Pero era obvio que Mérida se encontraba a buen resguardo de los terrores piráticos. Sin embargo la fortaleza fue inaugurada el 31 de mayo de 1669. Si como dijo Paz la arquitectura es el testigo insobornable de la historia la Ciudadela de San Benito mostraba la convivencia conflictiva de las fuerzas en disputa: la cruz y el mosquete. Sin mayores precisiones pareciera que la cruz del Evangelio quedaba prisionera de la artillería. Los militares no dudaron en llamarla San Benito, santo que estableció las “reglas benedictinas” que hasta hoy rigen a las ordenes religiosas. Se quiso imponer un santo de mayor rango que el padre de los miembro de la orden seráfica. San Benito fue amigo de los animales antes que San Francisco: un cuervo lo alimentó durante un cautiverio. Así pues los frailes no podían aducir una falta de respeto a su santo: Benito era más antiguo y hasta de más jerarquía.
La Ciudadela fue el conjunto de edificaciones más ambicioso de la Colonia. Cierto no pudo haber guardado un concierto pero eso no le disputa las pretensiones del espacio. Sus murallas, sus baluartes : San Francisco, San Juan de Dios, El Carmen, San Luis , San Cristóbal, y la Soledad. Sus capillas: San Francisco, La Soledad de la Madre de Dios y las San Luis Rey de Francia, Santo Nombre de Jesús, San Diego y San Antonio de Padua; las celdas, el refectorio y los servicios, la huera y todas las instalaciones militares, entre las cuales se extraña las caballerizas y los almacenes para soportar un asedio. La Ciudadela de San Benito enriqueció el oriente de la ciudad de Mérida. No dejara de asombrarnos su destrucción total, sin miramientos y sin reparos a su historia y dignidad. Hoy tan solo la evocamos como algo de lo mucho que fue: la escritura arquitectónica de la Colonia.