El 18 de febrero de 1840, tras el triunfo del federalismo en Yucatán y la proclamación del centralista de Santa Ana, se hace cargo del gobierno don Juan de Dios Cosgaya . Se restablece la Constitución federalista y el Congreso local con el respaldo del pueblo rompe toda clase de relaciones con el gobierno central. El 6 de septiembre de 1840 toma las riendas del gobierno don Santiago Méndez Ibarra quien se mantiene pendiente del proceder del gobierno de la República. El 16 de marzo de 1841 don Miguel Barbachano y don Martín Peraza invaden la sal del Ayuntamiento y exigen a esté que le pida al congreso local la ruptura total con el gobierno de la República. El Ayuntamiento hizo la solicitud al Congreso local pero el gobernador Méndez Ibarra se opuso rotundamente. El 31 de marzo de 1841 se proclama la Constitución local y se reafirma la voluntad del Estado de permanecer como parte de un República Federal. Sin embargo el 28 de diciembre de 1841 se firma en Mérida los tratados entre el gobierno de la República, representado por don Andrés Quintana ROO, y el gobierno del Estado en el cual se acordaba la reincorporación de la península de Yucatán al resto de la República.
