El 1 de enero de 1846 toma posesión como Jefe Departamental don y decreta en suspenso la reincorporación de Yucatán a la República. El 8 de diciembre estalla en Campeche una rebelión comandada por Domingo Barret quien le exigió a Barbachano la ruptura con México. Se enfrentan Barret y Barbachano y éste renuncia. Yucatán se vuelve a separar de México pero su rompimiento es con el gobierno más que con la Nación. Sobreviene la guerra con los Estados Unidos y Barret plantea la necesidad de la neutralidad, para tal efecto envía a José Rovira para expresar la neutralidad. La misión de Rovira constituye la primera tentativa muy cuestionada de la participación de Yucatán en la guerra con los Estados unidos
SEPARACIÓN DE 1846
