El 1 de enero de 1846 toma posesión como Jefe Departamental don y decreta en suspenso la reincorporación de Yucatán a la República. El 8 de diciembre estalla en Campeche una rebelión comandada por Domingo Barret quien le exigió a Barbachano la ruptura con México. Se enfrentan Barret y Barbachano y éste renuncia. Yucatán se vuelve a separar de México pero su rompimiento es con el gobierno más que con la Nación. Sobreviene la guerra con los Estados Unidos y Barret plantea la necesidad de la neutralidad, para tal efecto envía a José Rovira para expresar la neutralidad. La misión de Rovira constituye la primera tentativa muy cuestionada de la participación de Yucatán en la guerra con los Estados unidos
