Poco después de fundada la ciudad de Mérida en 1542 se sintió la necesidad de contar con un hospital, por lo cual el primer Alcalde Mayor, en 1553, donó un terreno contiguo a su domicilio y el Ayuntamiento inició la construcción del edificio, ayudado con las aportaciones de los vecinos. Así, el 18 de mayo de 1562 se erigió el hospital, poniéndole por nombre el de Nuestra Señora del Rosario.
Los enfermos eran atendidos por el Dr. Juan del Rey, cirujano militar que vino con el ejército de Francisco de Montejo y fue vecino fundador de la ciudad. Cuando falleció en 1580, los frailes franciscanos siguieron atendiendo a los enfermos.
En 1607 se añadió una iglesia, que quedó ubicada en la esquina de las calles 61 con 58 y actualmente alberga al Museo de la Ciudad. Para esta época se agudizaron las carencias en el hospital por lo que el obispo Fray Gonzalo de Salazar solicitó y consiguió en 1620 que vinieran los religiosos de San Juan de Dios, para quines se edificó un convento en el resto del espacio disponible. Este conjunto se entregó a los juaninos el 6 de diciembre de 1625 y desde entonces se le llamó Hospital de San Juan de Dios.
Los juaninos estuvieron en posesión del hospital hasta el 30 de mayo de 1821 en que , por decreto de las cortes españolas, se clausuró el convento y el hospital se trasladó al ex convento de La Mejorada, quedando su sostenimiento a cargo del Ayuntamiento, pero después las autoridades republicanas optaron por devolvérselo a los juaninos y el hospital volvió a su ubicación anterior el 7 de mayo de 1827, bajo la dirección del Dr. Alejo Dancourt. La dependencia municipal del hospital estaba basada en las constituciones estatales y decretos derivados de ellas, desde 1824 hasta 1832, en que el gobierno del estado se hizo cargo del nosocomio con la denominación de Hospital General de Mérida, otorgándosele la dirección al Dr. José Matilde Sansores. Al año siguiente, el 10 de junio de 1833, el gobierno decretó la fundación de una Escuela de Cirugía Práctica y Medicina, la cual comenzó a funcionar el 1º De noviembre de ese año, a cargo del Dr. Ignacio Vado Lugo. Las clases de clínica y las operaciones quirúrgicas se realizaban en el hospital. En 1846 empezó a laborar como cirujano el Dr. José M. Tappan. En septiembre de 1847 se hizo cargo de la dirección el Dr. Vado Lugo, quien seguía siendo director de la Escuela de Medicina, pero a la muerte de éste, en 1853, fue nombrado director el Dr. Agustín O´Horán, quien promovió y realizó el traslado al edificio de La Mejorada el 25 de junio de 1861. Al iniciar en 1862 el gobierno imperialista, Agustín O´Horán renunció a la dirección. A fines de 1865, durante su estancia en Mérida, la emperatriz Carlota visitó el hospital. En un informe del año de 1866 se mencionó que había unas doscientas personas internadas. En 1878, con motivo de una epidemia de fiebre amarilla, se instaló un lazareto en dicho local. Como el número de pacientes dementes había aumentado fue necesario que en 1880 se destinara un departamento especial para ellos. Al fallecer en 1884 el Dr. Agustín O´Horán, el gobierno decretó que el hospital lleve su nombre. Es conveniente señalar que a la caída del gobierno imperialista en 1867, el nuevo gobernador, Gral. Manuel Cepeda Peraza, nombró al Dr. O´Horán como responsable del área de la instrucción superior, por lo que éste fundó el Instituto Literario y estableció nuevos programas para las escuelas superiores (Jurisprudencia, Normal de Profesores y Medicina) y puso su influencia para lograr la expedición de varios decretos que favorecieran al hospital. Durante estos años son dignos de anotarse algunos sucesos: desde 1870 se instituyó que los profesores de clínicas médica y quirúrgica fuesen también jefes de los servicios respectivos en el hospital. En 1883 a esto se agregó la clínica obstétrica, fundada por el Dr. Manuel Arias. Otro hecho importante es que algunos médicos yucatecos se dirigieron a Europa para ampliar sus estudios, entre ellos: Saturnino Guzmán, Ricardo Sauri y Eudaldo Ferráez, quienes luego trabajaron en el hospital. Mención especial merece el Dr. Luis Augusto Molina Solís quien por largos años fue director de la Escuela de Medicina y del hospital. El Dr. Molina y el Dr. Luis F. Urcelay planearon en 1904 planearon en 1904 un nuevo edificio, teniendo como modelo un hospital de Milán, Italia; el nuevo local fue inaugurado el 6 de febrero de 1906 por el entonces presidente Porfirio Díaz y quedó bajo la dirección del Dr. Molina hasta 1912.
Posteriormente, en 1907, se completó el laboratorio, que comprendió las secciones de Bacteriología, Anatomía Patológica y Química, quedando bajo la dirección del médico danés Harald Seidelin, quien impartió las cátedras correspondientes e investigó la patología imperante en Yucatán desde esa fecha hasta 1911 en que se retiró. Otros servicios se fueron agregando: en 1910 el de infancia; en 1921 el pabellón para enfermos de lepra; en 1946 la unidad antituberculosa; en 1948 la unidad ortopédica dirigida por el Dr. Enrique Escalante Alfaro y la de urología por el Dr. Alberto Colomé Bauza ; en 1949 se pone en servicio la Unidad Dermatológica a cargo del Dr. Edgardo Medina Alonzo y el suscrito funda el servicio de Bioestadística y Archivo Clínico Central. Entre 1952 y 1955 se realizaron obras de remozamiento, se adquirieron nuevos aparatos de rayos X y se fundó el Departamento de Trabajo Social. En esta época el hospital tenía más de 500 enfermos ingresados, por lo que desde 1957 comenzó a recibir subsidio de la Secretaría de Salubridad y Asistencia, pues antes era sostenido totalmente por el gobierno estatal. En 1964 se le denomina Hospital-Escuela y el director, Dr. Edgardo Medina, modificó la organización. En 1965 el nuevo director, Dr. Alfredo González Tamayo, consolidó la estructura y nombró jefe de Enseñanza al Dr. Eduardo Laviada Arrigunaga. En 1972 se construyó un nuevo y moderno local para la consulta externa y en 1984 se levantó un nuevo edificio para hospitalización, con capacidad para 200 camas, dependiendo totalmente de los Servicios Coordinados de Salud Pública del Estado. De esta larga historia del hospital general podemos deducir algunos comentarios. En su primera época, durante la Colonia, esta institución dependía más de la caridad pública que de las aportaciones oficiales. El hecho de que fuese manejada por religiosos, lo cual se acostumbraba en esa época, obligó a que el Obispado fuese vigilante de sus necesidades y con frecuencia intervenía para resolverlas. Al inicio de la época independiente se quiso eliminar la protección religiosa y pasar a las autoridades civiles el mantenimiento, lo cual causó problemas, sobre todo económicos, pero a pesar de ello se lograron avances. La creación de la Escuela de Medicina fue una poderosa ayuda, pues de ella salieron médicos abnegados que con alto sentido humanitario sirvieron a la sociedad. La creación del nuevo hospital en 1906 significó un gran estímulo para la medicina yucateca, cuyo avance ha continuado en forma brillante.
