La iglesia en los tiempos de la Colonia era muy distinta a la iglesia que hoy conocemos. Empezaremos por decir que la iglesia gozaba de un fuero especial, es decir se regía por sus propios, y abundantes, leyes, ventilando sus infracciones y sus diferendos en sus propios tribunales; la iglesia ejercía las funciones que en la actualidad ejerce el Registro Civil: inscribía nacimientos, legalizaba matrimonios y llevaba cuenta de las defunciones. La iglesia tenía sus propiedades y sus réditos adema´s de los ingresos propios del culto y las limosnas, era una organización realmente compleja con distintos divisiones y con funciones específicas, administrarla exigía de talento y dedicación. Un obispo además de enfrentar este cúmulo de asuntos tenía que mantener una buena relación con el Cabildo Metropolitano, con los sacerdotes seculares, algunos de ellos con un inmenso poder proveniente de sus relaciones políticas y de los caudales de su parroquia, y con las órdenes religiosas, principalmente los franciscanos. en la historia del obispado en la Colonia asistiremos recurrentemente a enfrentamientos, insubordinaciones y rudas luchas entre las órdenes religiosa y el obispo, siendo que en no pocas ocasiones las controversias llegaban a la Ciudad de México y hasta Roma.
Ocasión hubo en que un obispo encarceló a un sacerdote franciscano y sus hermanos en la orden acudieron a liberarlo con despliegues de violencia. Otra constante que aparece a lao largo de la Colonia son los enfrentamientos entre el obispo y las autoridades civiles y militares. Los enfrentamientos eran de dos órdenes generalmente: o en defensa de algún derecho de la iglesia o en defensa de los «naturales de la tierra», lo que, con seguridad, puede extrañar a más de uno. En realidad varios obispos de la Colonia no dudaron en llevar casos ante la Real Audiencia o en excomulgar a gobernadores y capitanes generales por sus procederes despiadados y abusivos contra los indígenas. Fray Francisco del Toral fue obispo de Yucatán de 1561 a 1571 y en su gobierno se abrió una investigación sobre el Auto de Fe de maní, lo que trajo como consecuencia la liberación de los indios que no fueron ajusticiados y se encontraban presos; estas investigaciones obligaron al provincial de los franciscanos, el célebre Fray Diego de Landa, a acudir a España para defenderse, logrando obtener su absolución aunque nunca pudo eliminar la sombra de sospecha que cayó sobre su actuación; las determinaciones del obispo le acarrearon graves problemas con el gobernador Diego Quijada, siendo sustituido por Don Luis de Céspedes que también tuvo graves diferencias con el obispo pues era un hombre de conducta licenciosa; el obispo Juan Cano de Sandoval (1682-1695) tuvo tremendas diferencias con el joven gobernador Roque de Soberanis quien por su conducta abusiva y escandalosa puso a la provincia al borde de una sublevación popular; el obispo lo excomulgó y lo acusó a la Real Audiencia que lo suspendió durante dos años, tras los cuáles, a pesar de todo, volvió a ocupar su puesto. Uno de los obispo más brillantes que ha tenido Yucatán fue Don Juan Gómez de Parada quien se enfrentó al gobernador, a los encomenderos y las justicias de los pueblos en defensa de los indios, liberándolos de servidumbres y trabajos forzados, fue tal su energía y determinación en este punto como en otros, que la producción de la Provincia cayó y se desató una hambruna; el obispo vendió todas sus alhajas y el mobiliario que no era indispensable para socorrer a los indios y a todos los desprotegidos; estos son apenas algunos ejemplos de los que hay otros muchos.
La sociedad colonial era en realidad una sociedad compleja, era una sociedad de castas. La ciudad estaba dividida en parroquias y esto implicaba, a su vez, una división racial: la del Sagrario-Catedral era para los que se llamaban españoles o blancos; la del Santo Nombre de Jesús para negros y pardos; la de Santiago para los indios de barrio y criados de españoles; la de Guadalupe (San Cristóbal) para indios de las afueras de la ciudad o su partido; posteriormente se modificó esta división y se agregaron las parroquias de Santa Ana y San Sebastián, eliminándose la de negros y pardos. La llamada «Ciudad Episcopal» tenía bajo su jurisdicción 12 templos y capillas, a más de la Iglesia Mayor, entre ella la del Cristo de las Ampollas, la del Cristo de la Transfiguración en Santiago, y la de Nuestra Señora del Buen Viaje en la Ermita de Santa Isabel, que se encontraba en las afueras de la ciudad y en el camino Real a Campeche y era estación obligada para todo aquel que salía o entraba a la ciudad de Mérida.
En medio de todo esto a lo largo de la colonia se fundaron colegios en la ciudad y en los pueblos, se mantuvo el hospital de San Juan de Dios, antecedente directo del actual Hospital O’Horán – la primera botica que hubo en Mérida funcionó en la catedral para auxilio de los desprotegidos- se fundó la Universidad y se impulsaron las artes y los oficios, sin detrimento de que, a pesar de cualquier pasaje turbulento, los hijos de San Francisco eran reconocidos por los indios como sus protectores. Otra constante, en los primeros tiempos de la Colonia, fue la persecución a cualquier gesto que indujera a sospechar la presencia de idolatría; este asunto ha sido muy discutido por diversos historiadores y se le ha dado distintas explicaciones, lo cierto es que el asedio llevó a la destrucción de gran cantidad de documentos valiosísimos y dio lugar a una serie de ordenamientos que marcaron la conducta de todo el pueblo de Yucatán, desde la ley que exigía que en una casa viviera sólo una familia hasta la prohibición de que los indígenas usaran bordados en sus vestidos pues se sospechaba que a través de ellos se comunicaban pautas de la antiguo religión.
Abundan informes, cartas, documentos, noticias de gestiones sobre las pesquisas de presunta idolatría. A esto contribuyó el pueblo maya y su tolerancia frente a las deidades, a las que, según se ha visto, recibía sin prescindir de otras; esto fue lo que turbó, dicen algunos a Don Diego de Landa quien pudo sentirse engañado por la piedad aparente de los indios que en el fondo hacían convivir a la religión católica con sus antiguos dioses.
Los clérigos contribuyeron a gestar la independencia de América, nos dice Carlos Fuentes en u libro el Espejo Enterrado; en efecto los baúles de los sacerdotes no eran revisados y en ellos llegaban a las colonias las ideas sediciosas de los autores franceses; el asunto no se detenía en este punto, los sacerdotes las difundían, con frecuencia, en sus colegios. El siglo XVIII fue el siglo de los criollos, fue el siglo en que se rescataron las tradiciones autóctonas y se les dio vigencia a ciertos indicios de las antiguas civilizaciones, fue, también, el siglo en que se restituyó el culto a la Virgen de Guadalupe, signo de identidad para la nueva patria que habría de fundarse con la insurgencia que acaudilló Hidalgo y su discípulo José María Morelos y Pavón. En Yucatán se ve algo semejante: el obispo Estévez y Ugarte votó por la Afirmativa ante la junta del notables congregada para definir la postura de la Provincia frente a la Independencia, suscribiendo el Acta respectiva. Monseñor Estévez ya había estado viviendo lo que parecía la peor época de la iglesia en España y sus dominios, las leyes vigentes tenían un claro perfil liberal, y aunque se juraban y abolían, el gobernador Echeverri procedió a deshacer los conventos de Yucatán.
En el caso del convento de San francisco de tanta historia se sufrió la perdida de muchos documentos importantes y de gran valor que se habían conjuntado de siglos atrás. Se respetó el convento de las Concepcionistas, donde hoy se encuentra el templo de Las Monjas, aunque años después fue disuelto y las monjas exclaustradas; a los franciscanos sólo se les dejó el de Recoletos de Mejorada. Años después las leyes de Reforma volvieron a propinar un rudo, y definitivo golpe, a los bienes y ciertas funciones de la iglesia. Poco se dice pero es rigurosamente cierto que existían sacerdotes que encontraban las leyes liberales como afortunadas, para escándalo de la jerarquía y de un buen número de católicos conservadores que venían las nuevas leyes como obra diabólica. También habrá que decir que durante la llamada Guerra de Castas el entonces obispo Guerra demostró inclinación por el bando de «los blancos»: como las arcas del gobierno se habían vaciado por la guerra el obispo vendió sus alhajas, otro tanto hizo el obispo Rodríguez de la Gala con sus famosa carta pastoral a los sublevados. Son embargo justamente en el siglo XIX se podrá notar que a pesar se sus bienes, de sus colegios y de la fe del pueblo el obispado de Yucatán carecía de la fuerza que tenía en otras partes de América y en específico del país, la iglesia de Yucatán no era una iglesia poderosa. Se ha dicho que a esto contribuyó el desgaste que tuvo durante largos períodos de la colonia. El siglo XIX de la diócesis de Yucatán se separaron Campeche, Tabasco y la vicaría del Petén que pasó a ser parte del obispado de Guatemala.
