Salvador Alvarado llegó a Yucatán convencido de su destino de liberador. La caída del viejo régimen abría grandes oportunidades para una personalidad como la suya. Para cumplir con esa encomienda trascendente disponía del poder omnímodo que las circunstancias le brindaban. En este sentido uno de sus primeros esfuerzos se orientó a que los peones de las haciendas conocieran el decreto liberador de las deudas que había emitido el Coronel Eleuterio Ávila. En su calidad de jefe del Cuerpo del Ejército del Sureste y de gobernador y comandante militar del estado de Yucatán emitió Alvarado un decreto para la liberación de los sirvientes domésticos. Por aquellos años era común que en las casas sirvieran hombres, mujeres y niños sin percibir remuneración alguna y en forma indefinida. Ya que no pudo consagrase con un decreto que liberara a los campesinos se fijó en este grupo y procedió de acuerdo al espíritu que animaba su misión. Pero el señor Alvarado fue algo más lejos: exigió que los sirvientes fueran indemnizados de acuerdo a los años que hubieran prestado sus servicios. Tras los peones y los sirvientes siguieron las prostitutas. Don Salvador emitió un decreto liberando a las prostitutas de las deudas que las mantenían recluidas por la fuerza en las casas de mala nota y bajo la voluntad de “patronas” inclementes. El decreto prohibía los burdeles y solo permitía que vivieran dos prostitutas en una misma casa. Este ordenamiento fue motivo de comentarios jocosos en su época y no son pocos los que le han reprochado a Salvador Alvarado que en tierra de bohemios haya cancelado los burdeles y haya establecido el estado seco.
Salvador Alvarado gobernó Yucatán del 19 de marzo de 1915 al 1º de febrero de 1919. A pesar de su autoritarismo y de que en no pocas ocasiones buscaba la justicia más allá de la legalidad, promulgó una buena cantidad de leyes transformadoras y mantuvo, en términos de la generalidad, un gobierno febril. A don Salvador le interesó el tema de la educación y de ahí que haya impulsado en forma notable a las escuelas rurales que ya existían en Yucatán gracias a la visión de don Gonzalo Cámara Zavala y a los esfuerzos de La Liga de Acción Social. Para estos efectos el general trajo de la ciudad de México al señor Gregorio Torres Quintero. Impulsó las escuelas vocacionales, las huertas escolares, las juntas de educación, las cajas de ahorros escolares e impulsó un movimiento que perdura hasta nuestros días: los Boy Scouts. A don Salvador le preocupaba la integración de Yucatán al resto de la República, o mejor dicho su desintegración, de ahí que privilegiara los nombres de los héroes nacionales a los locales que eran los protagonistas. Su pasión lo llevó a un acto poco afortunado: pisoteo la bandera Yucateca. Durante el gobierno de don Salvador se fundaron tres importantes escuelas: la de Agricultura, la Ciudad Escolar de los Mayas y la de Bellas Artes. Se realizó con éxito el Primer Congreso Pedagógico, de tanta resonancia en los años siguientes. Se promulgó una novedosa Ley del Trabajo. Se llevó a cabo un innovador Congreso Feminista que anunciaba lo que se vería en la siguiente década. También se beneficiaron temporalmente de los afanes liberadores del general los hacendados henequeneros quienes ya no eran manipulados por las casas intermediarias, tratando ahora directamente con la celebérrima Comisión Reguladora de los Precios del Henequén. Sin embargo eliminar a las casas intermediarias implicó un súbito aumento del precio que , a un tiempo, estimuló a otros oferentes de henequén para el mercado norteamericano. Un senador y un diputado del Congreso de los Estados Unidos protestaron enérgicamente y apremiaron a los cordeleros norteamericanos a buscar un sustituto para el sisal de Yucatán. A don Salvador estos escándalos posiblemente le cayeron bien, lo cierto fue que no se detuvo en su política alcista lo que incrementó las arcas de muchos hacendados yucatecos. A la larga las medidas de Alvarado fueron ruinosas: la producción henequenera de Yucatán en 1916-a un año de la entrada de Alvarado-fue de 214 457 toneladas, en 1924 fue de 109 265 tons. y en 1934 de 93 000 tons., siendo que la producción mundial aumentó de 370 367 tons. en 1924 a 439 825 tons. en 1934. Alvarado, en realidad, no fue un estratega del henequén, ni un hombre que haya podido mostrar algún futuro promisorio en ese sentido. Don Salvador acuñó la expresión Casta Divina para referirse a los intermediarios del mercado del henequén: los representantes de la casas extranjeras. El mote no inlcuía a los hacendados que venían desde los tiempos de la Colonia y se dirigía en especial a don Olegario Molina y a su yerno don Avelino Montes. Sin embargo Alvarado no dejó de publicitar que impidió el fusilamiento de dos sobrinos de don Olegario: Julio y Hugo , hijos del ilustre historiador don Juan Francisco Molina Solís.
Ensombrecen la figura del general revolucionario los insultos soeces que profirió sobre los yucatecos, más que el hecho de que haya estimulado, o en su caso tolerado, los destrozos realizados en la Catedral de Mérida en el brutal asalto del 24 de septiembre de 1915, que fue una de las manifestaciones de su fanatismo anticlerical que lo hizo perseguir clérigos y clausurar colegios católicos. Por este brutal embate se perdió parte del patrimonio histórico de los yucatecos. Ni la revolución Bolchevique se atrevió a tanto.
