Siglo XVI
- Nachi Cocom. Antes de 1526 y hasta 1541 en que es derrotado. Es el último (en lo que hoy es Yucatán) de los halach uinik, régule maya, jefe del pueblo de los cocomes que enfrentó a los conquistadores del Yucatán actual. Otro grupo maya jefaturado por la dinastía de los Canek se mantuvo independiente de los conquistadores en un reducto en el Petén, actualmente Guatemala, y no se sometió al imperio español sino hasta 1697.
- (1526 – 1540): Francisco de Montejo. Adelantado.
- (1540 – 1546): Francisco de Montejo y León «el Mozo». Teniente de gobernador.
- (1546 – 1548): Francisco de Montejo. Adelantado.
- (1549 – 1549): Blas Cota. Oidor de la Real Audiencia de los Confines que inició el juicio de residencia a los Montejo.
- (1549 – 1549): Francisco de Herrera Oidor de la Real Audiencia de México quien continuó e intentó revertir el juicio de residencia en contra de los Montejo.
- (1550 – 1550): Diego de Santillán. Oidor de la Real Audiencia de México que continuó y culminó el juicio de residencia a Francisco de Montejo en Yucatán.
- (1550 – 1552): Gaspar Suárez de Ávila. Primer Alcalde mayor.
- (1552 – 1553): Tomás López Medel. Oidor de los los Confines y autor de señaladas ordenanzas en favor de los indígenas.
- (1553 – 1554): Gaspar Suárez de Ávila. Retomó la alcaldía mayor.
- (1554 – 1555): Álvaro de Carvajal. Alcalde mayor.
- (1556 – 1558): Alonso Ortiz de Argueta (Algunos historiadores lo han llamado Alonso Ortiz de Elgueta). Alcalde mayor.
- (1558 – 1559): Juan de Paredes. Alcalde mayor.
- (1560 – 1560): Godofredo de Loaiza (También llamado Jofre de Loaiza; Godofré de Loaisa, según Diego López de Cogolludo). Oidor de los Confines.
- (1561 – 1564): Diego de Quijada. Primer Alcalde Mayor nombrado directamente por el rey.
- (1565 – 1571): Luis de Céspedes y Oviedo. Primer Gobernador de Yucatán con tal título.
- (1571 – 1573): Diego de Santillán y Pineda. Homónimo del visitador que gobernó en 1550.
- (1573 – 1577): Francisco Velázquez de Gijón
- (1577 – 1582): Guillén de las Casas
- (1582 – 1583): Francisco de Solís Osorio (según Diego López de Cogolludo se llamó Francisco de Sales Osorio)
- (1583 – 1584): Diego García de Palacios. Visitador de la Real Audiencia de México, autor de célebres oredenanzas en favor de los indígenas.
- (1584 – 1586): Francisco de Solís Osorio
- (1586 – 1593): Antonio de Vozmediano
- (1593 – 1595): Alonso Ordóñez de Nevárez (falleció en el cargo)
- (1595 – 1596): Pablo Higueras de la Cerda (gobernador provisional, fue teniente de Alonso Ordóñez de Nevares)
- (1596 – 1597): Carlos de Sámano y Quiñónez (primer gobernador interino nombrado por el Virrey de la Nueva España en Yucatán)
Siglo XVII
- (1598 – 1604): Diego Fernández de Velasco
- (1604 – 1612): Carlos de Luna y Arellano
- (1612 – 1617): Antonio de Figueroa y Bravo
- (1617 – 1619): Francisco Ramírez Briceño (primer capitán general de Yucatán)
- (1620 – 1621): Arias de Lozada y Taboada
- (1621 – 1628): Diego de Cárdenas
- (1628 – 1630): Juan de Vargas Machuca
- (1630 – 1631): Íñigo de Argüello y Carvajal, oidor de la Real Audiencia de México
- (1631 – 1633): Fernando Centeno Maldonado (interino)
- (1633 – 1635): Jerónimo de Quero
- (1635 – 1636): Fernando Centeno Maldonado (interino)
- (1636 – 1636): Andrés Pérez Franco
- (1636 – 1643): Diego Zapata de Cárdenas (marqués de Santo Floro)
- (1643 – 1644): Francisco Núñez Melián
- (1644 – 1645): Enrique Dávila Pacheco (interino)
- (1645 – 1648): Esteban de Azcárraga
- (1648 – 1650): Enrique Dávila Pacheco (interino)
- (1650 – 1652): García de Valdés y Osorio (conde de Marcel de Peñalva)
- (1652 – 1653): Martín de Robles y Villafaña (interino)
- (1653 – 1654): Pedro Sáenz Izquierdo (interino)
- (1655 – 1660): Francisco de Bazán
- (1660 – 1662): José Campero de Sorredevilla
- (1663 – 1664): Juan Francisco de Esquivel y la Rosa (interino)
- (1664 – 1664): Rodrigo Flores de Aldana
- (1664 – 1667): Juan Francisco de Esquivel y la Rosa (interino)
- (1667 – 1669): Rodrigo Flores de Aldana
- (1669 – 1670): Frutos Delgado (interino)
- (1670 – 1672): Fernando Francisco de Escobedo
- (1672 – 1674): Miguel Franco Cordóñez de Soto (Miguel Francisco Cordonio de Sola)
- (1674 – 1677): Sancho Fernández de Angulo y Sandoval
- (1677 – 1679): Antonio de Layseca y Alvarado
- (1679 – 1680): Juan de Aréchiga (interino)
- (1680 – 1683): Antonio de Layseca y Alvarado
- (1683 – 1688): Juan Bruno Téllez de Guzmán
- (1688 – 1692): Juan José de la Bárcena
- (1693 – 1695): Roque de Soberanis y Centeno
- (1695 – 1696): Martín de Urzúa y Arizmendi
- (1696 – 1699): Roque de Soberanis y Centeno
- (1699 – 1703): Martín de Urzúa y Arizmendi (Adelantado del Petén). Sometimiento de los itzaes de Tayasal.
Siglo XVIII
- (1703 – 1706): Álvaro de Rivaguda (interino)
- (1706 – 1708): Martín de Urzúa y Arizmendi
- (1708 – 1712): Fernando de Meneses y Bravo de Saravia
- (1712 – 1715): Alonso de Meneses y Bravo de Saravia
- (1715 – 1720): Juan José de Vértiz y Hontañón
- (1720 – 1724): Antonio Cortaire y Terreros
- (1725 – 1733): Antonio de Figueroa y Silva
- (1733 – 1734): Juan Francisco Fernández de Sabariego
- (1734 – 1736): Santiago de Aguirre (interino)
- (1736 – 1742): Manuel Salcedo
- (1743 – 1750): Antonio Benavides Bazán y Molina
- (1750 – 1752): Juan José de Clou
- (1752 – 1758): Melchor de Navarrete
- (1758 – 1761): Alonso Fernández de Heredia
- (1761 – 1762): José Crespo y Honorato. Sofocó la rebelión de Cisteil y determinó el tormento y muerte de Jacinto Canek, caudillo maya.
- (1762 – 1763): Antonio Ainz de Ureta (interino)
- (1763 – 1763): José Álvarez (sustituto)
- (1763 – 1764): Felipe Ramírez de Estenoz
- (1764 – 1764): José Álvarez (sustituto)
- (1764 – 1770): Cristóbal de Zayas (interino)
- (1771 – 1776): Antonio de Oliver
- (1777 – 1777): Alonso Manuel Peón
- (1778 – 1778): Hugo O’Conor Cunco y Fali
- (1779 – 1779): Alonso Manuel Peón (sustituto)
- (1779 – 1782): Roberto Rivas Betancourt (interino)
- (1783 – 1789): José Merino y Ceballos
- (1789 – 1792): Lucas de Gálvez
- (1792 – 1792): Alonso Manuel Peón (sustituto)
- (1792 – 1793): José Sabido Vargas (interino)
- (1793 – 1800): Arturo O’Neill y O’Kelly
Principios del siglo XIX
- (1800 – 1810): Benito Pérez Valdelomar (inicia la guerra de independencia de México)
- (1811 – 1812): Justo Serrano y Antonio Bolio (gobernador y teniente de gobernador interinos, desde el 26 de agosto de 1812 hasta el 8 de enero de 1812, el primero era auditor de Guerra y teniente de gobernador del predecesor y el segundo era teniente del rey).
- (1812 – 1812): Miguel de Castro y Araoz (gobernador interino y teniente de rey)
- (1812 – 1815): Manuel Artazo y Torredemer
- (1815 – 1819): Miguel de Castro y Araoz
- (1820 – 1820): Mariano Carrillo de Albornoz
- (1821 – 1821): Juan María Echeverri y Manrique de Lara (último gobernador español en Yucatán, del 1° de enero de 1821 al 8 de noviembre del mismo año)
Gobernadores de Yucatán
Siglo XIX
- (1821 – 1822): Pedro Bolio y Torrecillas (intendente). México independiente, periodo preconstitucional.
- (1822 – 1822): Benito Aznar
- (1822 – 1823): Melchor Álvarez. Periodo preconstitucional.
- (1823 – 1823): Pedro Bolio y Torrecillas
- (1° de junio de 1823 a 23 de abril de 1824): Junta Provisional Gubernativa, presidida por José Segundo Carvajal Cavero
- (1824 – 1824): Francisco Antonio de Tarrazo (interino)
- (1824 – 1825): Antonio López de Santa Anna
- (1826 – 1826): José Tiburcio López Constante
- (1826 – 1827): Pedro de Souza
- (1827 – 1829): José Tiburcio López Constante
- (1829 – 1829): Ignacio de la Roca
- (1829 – 1832): José Segundo Carvajal
- (1832 – 1832): Pablo Lanz y Marentes
- (1832 – 1832): Manuel Carvajal Cavero
- (1832 – 1832): José Segundo Carvajal Cavero
- (1832 – 1833): José Tiburcio López Constante
- (1833 – 1833): Basilio María de Argaiz
- (1833 – 1834): Juan de Dios Cosgaya
- (1834 – 1834): Rafael Montalvo y Baranda
- (1834 – 1835): Francisco de Paula Toro
- (1835 – 1835): Pedro Sainz de Baranda y Borreiro
- (1835 – 1835): Sebastián López de Llergo (provisional)
- (1835 – 1835): Pedro Sainz de Baranda y Borreiro
- (1835 – 1835): José de la Cruz Villamil (provisional)
- (1835 – 1837): Francisco de Paula Toro (interino)
- (1837 – 1837): Pedro Escudero de la Rocha
- (1837 – 1837): Benito Aznar
- (1837 – 1837): Joaquín Gutiérrez de Estrada
- (1837 – 1837): Benito Aznar
- (1837 – 1840): Pedro Marcial Guerra
- (1840 – 1840): Juan de Dios Cosgaya
- (1840 – 1844): Santiago Méndez Ibarra
- (1844 – 1844): Miguel Barbachano y Tarrazo (suplente)
- (1844 – 1846): José Tiburcio López Constante
- (1846 – 1846): Miguel Barbachano y Tarrazo
- (1847 – 1847): Domingo Barret (provisional)
- (1847 – 1848): Santiago Méndez Ibarra
- (1848 – 1853): Miguel Barbachano y Tarrazo. Se escinde Yucatán; se forma el Estado de Campeche
- (1853 – 1853): Crescencio José Pinelo (interino)
- (1853 – 1854): Rómulo Díaz de la Vega (designado por Antonio López de Santa Anna)
- (1854 – 1855): José Cárdenas del Llano (interino)
- (1855 – 1855): Pedro Ampudia (designado por Antonio López de Santa Anna)
- (1856 – 1857): Santiago Méndez Ibarra
- (1857 – 1857): Pantaleón Barrera
- (1857 – 1857): Martín Francisco Peraza
- (1858 – 1859): Liborio Irigoyen
- (1859 – 1860): Pablo Castellanos
- (1860 – 1860): Agustín Acereto
- (1860 – 1861): Lorenzo Vargas
- (1861 – 1861): Anselmo Cano (suplente)
- (1861 – 1861): Agustín Acereto
- (1861 – 1861): Pantaleón Barrera (suplente)
- (1861 – 1861): Agustín Acereto
- (1861 – 1863): Liborio Irigoyen (provisional)
- (1863 – 1864): Felipe Navarrete (comisario imperial de Maximiliano de Habsburgo)
- (1864 – 1866): José Salazar Ilarregui (comisario imperial)
- (1866 – 1866): Domingo Bureau Vázquez (comisario imperial)
- (1866 – 1867): José Salazar Ilarregui (comisario imperial)
- (1867 – 1867): Manuel Cepeda Peraza (se restaura la república)
- (1867 – 1867): Agustín O´Horán (gobernador provisional en tres cortos periodos durante el año)
- (1868 – 1868): Eligio Ancona (por disposición del supremo gobierno de la república)
- (1868 – 1868): Manuel Cepeda Peraza (gobernador constitucional)
- (1868 – 1869): José María Vargas
- (1869 – 1869): José Cevallos Cepeda (estado de sitio)
- (1869 – 1870): José Apolinar Cepeda Peraza (hermano de Manuel Cepeda Peraza)
- (1870 – 1872): Manuel Cirerol y Canto
- (1872 – 1873): Vicente Mariscal
- (1873 – 1873): Ignacio R. Alatorre (interino)
- (1873 – 1874): Liborio Irigoyen
- (1874 – 1874): Miguel Castellanos Sánchez
- (1874 – 1874): José Matilde Alcocer
- (1874 – 1875): Eligio Ancona (provisional)
- (1875 – 1875): Juan Pío Aguilar (interino)
- (1875 – 1876): Eligio Ancona
- (1876 – 1877): Guillermo Palomino (interino)
- (1877 – 1877): Protasio Guerra (primer gobernador designado del porfiriato
- (1877 – 1877): Agustín del Río (inerino)
- (1877 – 1877): José María Iturralde Lara
- (1877 – 1877): José María Vargas
- (1877 – 1877): José María Iturralde Lara
- (1877 – 1880): Manuel Romero Ancona (primer gobernador electo del porfiriato)
- (1880 – 1880): Juan Cervera Molina (encargado del despacho)
- (1880 – 1880): Manuel Romero Ancona
- (1880 – 1881): Teodosio Canto (encargado del despacho)
- (1881 – 1882): Manuel Romero Ancona
- (1882 – 1883): Octavio Rosado
- (1883 – 1883): Serapio Baqueiro Preve (encargado del despacho)
- (1883 – 1885): Octavio Rosado
- (1885 – 1885): Teodosio Canto (encargado del despacho)
- (1885 – 1886): Octavio Rosado
- (1886 – 1889): Guillermo Palomino
- (1889 – 1890): Juan Pío Manzano
- (1890 – 1894): Daniel Traconis
- (1894 – 1896): Carlos Peón Machado
- (1896 – 1896): José Palomeque Solís
- (1896 – 1897): Carlos Peón Machado
- (1897 – 1898): José María Iturralde Lara (interino de 16 de agosto de 1897 al 1 de febrero de 1898)
- (1898 – 1902): Francisco Cantón Rosado
Siglo XX
- (1902 – 1906): Olegario Molina Solís
- (1903):
- Manuel Molina Solís (interino en ausencia de OMS)
- Rodulfo G. Cantón (interino en ausencia de OMS)
- (1904 y 1905): Braulio Méndez (interino dos veces en ausencia de OMS)
- (1906 – 1907): Olegario Molina Solís
- (1907 – 1909): Enrique Muñoz Arístegui (interino sucediendo a OMS al asumir este la Secretaría de Fomento en el Porfiriato.)
- (1909): José Patrón Correa (interino cubriendo ausencia temporal de Muñoz Arístegui)
- (1910 – 1911): Enrique Muñoz Arístegui
- (1911):
- Luis del Carmen Curiel
- José María Pino Suárez (maderista)
- Jesús L. González
- José María Pino Suárez
- Nicolás Cámara Vales
- (1911 – 1912): Agustín Patrón Correa
- (1912 – 1913): Nicolás Cámara Vales
- (1913):
- Fernando Solís León
- Arcadio Escobedo (impuesto por Victoriano Huerta)
- Felipe Solís Castillo (nombrado como interino por el Congreso de Yucatán)
- Eugenio Rascón (nombrado por el régimen usurpador de Victoriano Huerta)
- (1913 – 1914): Prisciliano Cortés (huertista)
- (1914 – 1915): Eleuterio Ávila (ejército constitucionalista)
- (1915):
- Toribio de los Santos (ejército constitucionalista)
- Abel Ortiz Argumedo (general golpista que depuso a su antecesor)
- (1915 – 1917): Salvador Alvarado (ejército constitucionalista)
- (1917): Álvaro Torre Díaz
- (1918 – 1920): Carlos Castro Morales (socialista)
- (1920):
- Tomás Garrido Canabal (interino del 13 de mayo al 26 de junio)
- Enrique Recio (interino nombrado por Adolfo de la Huerta)
- Antonio Ancona Albertos (interino del 26 de julio al 27 de noviembre de 1920)
- (1920 – 1921): Hircano Ayuso y O’Horibe (interino del 27 de noviembre de 1920 al 1 de febrero de 1921)
- (1921): Eladio Domínguez (interino del 1 al 4 de febrero de 1921)
- (1921 – 1922): Manuel Berzunza (interino del 4 de febrero de 1921 al 31 de enero de 1922)
- (1922 – 1924): Felipe Carrillo Puerto (socialista)
- (1924): Juan Ricárdez Broca (usurpador, responsable del asesinato de Carrillo Puerto y sus hermanos)
- (1924 – 1926): José María Iturralde Traconis
- (1926 – 1930): Álvaro Torre Díaz
- (1930 – 1934): Bartolomé García Correa
- (1934 – 1935): César Alayola Barrera
- (1935 – 1936): Fernando López Cárdenas
- (1936 – 1938): Florencio Palomo Valencia
- (1938 – 1940): Humberto Canto Echeverría
- (1940): Laureano Cardoz Ruz
- (1940): Santiago Burgos Brito
- (1940 – 1942): Humberto Canto Echeverría
- (1942 – 1946): Ernesto Novelo Torres
- (1946 – 1951): José González Beytia
- (1951 – 1952): Humberto Esquivel Medina
- (1952 – 1953): Tomás Marentes Miranda
- (1953 – 1958): Víctor Mena Palomo
- (1958 – 1964): Agustín Franco Aguilar
- (1964 – 1970): Luis Torres Mesías
- (1970 – 1976): Carlos Loret de Mola Mediz
- (1976 – 1982): Francisco Luna Kan
- (1982 – 1984): Graciliano Alpuche Pinzón
- (1984 – 1988): Víctor Cervera Pacheco
- (1988 – 1991): Víctor Manzanilla Schaffer
- (1991 – 1993): Dulce María Sauri Riancho (interina, primera gobernadora del estado de Yucatán)
- (1993 – 1994): Ricardo Ávila Heredia (encargado del despacho)
- (1994 – 1995): Federico Granja Ricalde (electo para dieciocho meses, en lugar de sexenio, por decreto del H. Congreso del Estado.)
- (1995 – 2001): Víctor Cervera Pacheco
Siglo XXI
- (2001 – 2007): Patricio Patrón Laviada
- (2007 – 2012): Ivonne Ortega Pacheco (quinquenio, en lugar de sexenio, por esta única vez y por decreto del Congreso del Estado de Yucatán; se busca hacer coincidir las elecciones sexenales para gobernador del estado con las fechas en que se elige presidente de la república, a partir del año 2012)
- (2012 – 2018): Rolando Zapata Bello
