El 7 de mayo de 1842 el presidente Santa Anna publica un decreto que declara a  Yucatán enemigo de la Nación y en agosto de ese mismo año envía a la isla de Carmen un cuerpo expedicionario para doblegar a Yucatán. Así se entabla la guerra entre Yucatán y México. En tanto el gobernador Santiago Méndez se concentra en la defensa de Campeche se hace cargo de los asuntos públicos Miguel Barbachano. El 24 de abril de 1843 se rinden en Tixpeual las tropas mexicanas comandadas por el Gral. Matías de la Peña, terminando así la guerra entre México y Yucatán. El 14 de diciembre de 1843 se firman en México los tratados por los cuales Yucatán se reincorporaba a la República Mexicana.