Existía un vivo interés en Yucatán porque los jesuitas abrieran un colegio en la provincia. Para entonces los jesuitas ya gozaban de su bien ganada fama como maestros, hombres de letras y de ciencias; la labor de los franciscanos había sido pionera, pero ahora se necesitaba elevar el nivel y darle otro sentido a la educación. Finalmente en el año de 1618 llegaron a Yucatán los R.R. P.P. Tomás Domínguez, como rector o superior, Francisco de Contreras y Melchor Maldonado, con ellos venía un hermano, Pedro Mena, tiempo después se les uniría un hermano que aprendería la lengua maya para poder predicar en ella y confesar a los indios de acuerdo a los deseos del Capitán don Martín de Palomar, benefactor de la obra. De hecho don Martín donó la propiedad donde se levantaría el colegio, justamente donde hoy se encuentra la iglesia de Tercera Orden, el Congreso del Estado, el Teatro Peón Contreras y el que después fuera conocido como el «Callejón del Cabo Piña», hoy la calle 57 -A. Este colegio llamado de San Francisco Javier precedió al de San Pedro que se fundó en 1711 con el patrocinio de don Diego Rodríguez del Olmo cuyo albacea, el Pro. Don Gaspar de Güemes, proporcionó los fondos para llevar a cabo la obra.
Edificio de la Universidad Autónoma de Yucatan donde originalmente se levantó el Colegio de San Pedro.
El Colegio de San Pedro se levantó en los terrenos que luego ocuparía la Universidad Autónoma de Yucatán. Ya el Colegio de San Francisco Javier había obtenido el permiso para otorgar grados académicos a semejanza de las Universidades de España, pues al principio la enseñanza fue solo primaria. Posteriormente se abrieron las cátedras de Humanidades, Filosofía, Teología y Derecho Canónico, esta última a cargo, ni más ni menos, que del sabio jesuita P. Alegre que andando el tiempo se convertiría en el gran historiador de la Compañía en Nueva España. Así es que en el celebre Colegio de San Francisco Javier encontramos el antecedente de la educación superior en Yucatán, dado que esta Institución otorgaba grados de Bachiller, Licenciado, Maestro y Doctor.
Esto implicó una transformación profunda en la Provincia, tanto más cuando que llegaban más maestros trayendo a Yucatán conocímientos y habilidades que ponían a disposición de la juventud de aquel entonces. La Ley XIII, título 1 o, Libro VI de la Recopilación de Indias mandaba poner escuelas primarias en todas los pueblos de indios a efecto de elevar el nivel de la población. Animada por obispos, dérigos, capitanes generales y, desde luego, por el ambiente que los colegios de jesuitas, y el de los franciscanos que existía en el Convento de San Francisco, en Yucatán la Ley se impulsó con singular esmero. Sin embargo el12 de junio de 1767, por orden terminante de Carlos III, los jesuitas salieron de Yucatán, como lo estaban haciendo de España y sus dominios. El golpe fue tremendo y aunque hubo un intento posterior por abrir el Colegio de San Pedro, la ausencia de los miembros de la Compañía de Jesús fue sensible en la provincia. Ya antes en 1751 se había autorizado la erección del Seminario de San Idelfonso, institución que con su larga historia hasta hoy perdura. Con la salida de los jesuitas de los dominios españoles se pretendió que los seminarios cumplieran la función de educar a la juventud, lográndose, adicionalmente, el efecto de evitar la influencia de las ordenes religiosas sobre la sociedad.
Para entender esta situación hay que tener presente lo que significaba la iglesia en los tiempos de la Colonia: era dueña de las tres cuartas partes de las tierras de México, a través de las ordenes religiosas, de las cofradías y de las parroquias; poseía fuero, lo que implicaba la existencia de sus propias leyes, reglamentos y tribunales; estas dos condiciones unidas creaban una amplia gama de pautas, funciones y actividades económicas, políticas y sociales que sumadas a la influencia civil y militar pueden ilustrarnos sobre la importancia que el estudio de la filosofía, con enfoque eclesiástico, la teología y el derecho canónico tenían en aquel entonces, ciertamente muy distinta a la que se les confiere en la actualidad.
En el Seminario de San Ildefonso también podía estudiarse Humanidades, Latín, Aritmética, Física, Literatura, Retórica, Gramática, así como Herbolaria Medicinal y, desde luego, «Cultivos». No existía, como es fácil de intuir, pluralidad en las- cátedras. Sin embargo el ambiente no era tan cerrado como algunos han querido verlo. Ya Carlos Fuentes no los advirtió en su libro «El Espejo Enterrado»: los baúles de los sacerdotes y clérigos no eran revisados, por eso en ellos venían al Nuevo Mundo los libros de los hombres de La Ilustración, plagados de ideas sediciosas; de esa manera los sacerdotes contribuyeron en el siglo XVIII a gestar el clima que propiciaría las independencias de los dominios Españoles. Ya se sabe: la iglesia en Arnérica fue, desde el primer momento, muy diferente a la que existía en Europa, y, en mayor o menor medida, desde la Colonia hasta nuestros días ha acompañado a los pueblos de América en todos sus procesos de liberación.
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