De 1845 a 1851 se da una guerra cruenta, como todas las fratricidas, en el Estado. Esta guerra es la única en América en que los indígenas, como hemos visto, prácticamente ganaron. Esto trajo como consecuencia el total trastorno de la economía del Estado al punto de que nunca volvió a ser la misma. Hubo un hacendado, Manuel Galera y Encalada, quien se fue a Campeche con sus trabajadores y realizó un convenio con la casa de don Joaquín Gutiérrez de Estrada para explotar el Palo de Tinte en la finca San José Marentes. Hubo una gran migración de trabajadores a Campeche, en un informe de 1870 se dice: “Los trabajadores yucatecos no solo nos trajeron sus brazos, su industria y sus conocimientos, sino también su dedicación al trabajo por cuyo medio han prosperado y esto ha servido de estímulo a muchos labradores….”. Un rico y notable empresario don Simón Peón Cano salió para Cuba para trabajar un ingenio azucarero llevándose a 400 indios yucatecos, tarea esta última que no se consumó porque el gobierno cubano no lo autorizó. Otros yucatecos salieron a La Habana llamando la atención por “su decencia y su lujo para vivir”. Dos yucatecos ilustres don Manuel Crescencio Rejón y Joaquín García Rejón, después de estudiar las leyes mexicanas, norteamericanas y europeas, presentaron al Congreso de la Unión un Acta de Navegación para reorganizar la marina nacional y especialmente la yucateca. Se esperaba que con esta reorganización se rescataría al Estado de su situación crítica tras la Guerra de Castas. La situación que prevalecía en el país, tras la guerra de intervención de los Estados Unidos, impidió que el acta se aprobara. Este documento establecía que en el año de 1811 la marina yucateca constaba de 135 buques de altura, de los cuales en 1849 solo quedaban 25 destinados al cabotaje. Se trataba de revivir las costas yucatecas lo que haría “de alguna manera apetecible el carácter de ciudadano mexicano tonto abatido y menospreciado aquí (Yucatán), que han tenido que abandonarlo por las pocas o ningunas ventajas que proporcionan aun aquellos mismos que por motivos de gratitud hacía el país debieron haber procurado”. La economía peninsular totalmente desquiciada solo empezó a recuperarse con el cultivo del henequén.
