El Teniente de Gobernador y Capitán General de las Provincias de Yucatán, don Francisco de Montejo, “El Mozo”, fundó la ciudad de Mérida un 6 de enero de 1542. En el acta fundacional Montejo dice: “Como católico….lo primero que se ordenó fue escoger sitio y lugar para construir iglesia”. A pesar de este mandamiento de la primera hora solo se pudo levantar una iglesia de material vulnerable, era de techumbre de paja. Finalmente, en 1599, cuando estaba fresco el material de construcción, el Br. Juan de Izquierdo, séptimo Obispo de Yucatán, le escribió al rey de España: “El templo ha salido el mejor de todas las Indias, porque en treinta años que tengo de servir a Vuestra Majestad en el Perú y la Nueva España, no he visto cosa semejante”. Apenas si se tiene que destacar la redacción: Su Ilustrísima no dice servir a Jesucristo ni a su Santa Iglesia, se protesta servidor del rey en las Indias. Por lo demás se le nota eufórico y satisfecho con la obra. En 1929 el arquitecto Federico E. Mariscal dijo: “La fachada de la catedral de Mérida, imposible de confundirse con otras, no tiene ninguna semejanza con las de nuestras catedrales de otras regiones del país; los muros lisos, extraordinariamente elevados; las portadas pequeñas en relación con la gran altura de los muros y , en el centro, una especie de gran arco triunfal con enorme escudo con las armas reales españolas, mismo que en 1822 fue borrado a cincel y sustituido por el águila coronada del Primer Imperio Mexicano, aunque conservó en torno Gran Collar de Toisón de Oro ”. La descripción de Mariscal muestra a la catedral de Mérida como una construcción singular, más que de gran valor estético. Quizás faltó destacar que todo el conjunto es severo, incluido el interior. Los pilares , las capillas interiores, la nave central, en fin, todo es de marcada austeridad. A propósito del escudo borrado a cincel don Justo Sierra O´Reilly dijo : “Feísimo emplasto, en que se esculpieron las armas nacionales, primero con el águila coronada, y después ocultando la corona tras una capa de yeso y cal”.
Se ha mencionado al arquitecto Pedro de Aulestia , de quien se dice vino de España para emprender los trabajos pero el resultado no fue el esperado y se ha afirmado que la construcción se derribó. Sin embrago el nombre que perdura es el de Juan Miguel de Agüero y el de su colaborador , Gregorio de la Torre. Se menciona que se destinaron “trescientos indios semaneros para formar el peonaje de alarifes”, de los cuales no se tiene registro alguno. Los trabajos para levantar la catedral se suspendieron en 1571 , por “ir errada” y se reiniciaron, aparentemente, en 1573. El arquitecto Agüero era un hombre bien entendido en su materia: elaboró una maqueta para la catedral metropolitana de la ciudad de México y se incorporó a los trabajos de la catedral de Mérida en 1585 y falleció en 1590. A estos nombres hay que agregar el de Juan de Magaña, capataz criollo; el de Francisco Pool, carpintero; el de Diego Can, también carpintero; Juan Sánchez, herrero; Gerónimo Pérez , sastre; Rodrigo de Alcocer, comerciante a quien se le compraron dos campanas por doscientos cincuenta pesos en 1588. Asevera Cogolludo que en la parte inferior de la cornisa del cimborio está grabada una leyenda : “Reynando en las Españas e Indias Orientales y Occidentales la Majestad del Rey Felipe Segundo, y siendo Gobernador y Capitán General, su lugarteniente de estas Provincias, don Diego Fernández de Velasco, se acabó esta obra. Fue maestro mayor de ella Juan Miguel de Agüero. Año 1598”. El templo tuvo un amplio atrio con verja forjada por un señor Bonelli. La emperatriz Carlota contribuyó con mil pesos para cubrir los costos de la obra. En el ángulo norte el enverjado se apoyó en una columna rematada con una cruz , ambas de piedra. Esta cruz fue removida en 1915 y restituida en 1973. Esta cruz fue durante la Colonia el punto de partida para medir la distancia de los pueblos. El frente de la iglesia poseyó un amplio asiento de cantería que desapareció cuando se eliminó el gran atrio de la catedral.
La noche del 24 de septiembre de 1915 se vivió uno de los pasajes más vergonzosos de la historia de Yucatán. Una turba salvaje destruyó la puerta de la catedral y se dedicaron a destruir todas las imágenes y retablos que fueron parte del patrimonio cultural del pueblo de Yucatán. Las imágenes del Señor de la Conquista, la de Virgen de las Mercedes y la de Santísima Trinidad fueron destruidas, como lo fueron otras tantas cosas. Intentaron destruir la imagen del Cristo de las Ampollas, mientras la banda de música municipal tocaba “La Cucaracha”. Arrastraron hasta la calle la imagen del Cristo de las Ampollas y ahí al abandonaron, recogiéndola la policía quien la condujo a la Comandancia Militar. El órgano fue destruido, como se hicieron destrozos en las capillas del Sagrario, Divino Maestro y San Juan de Dios. Según nos dice don Fernando María Ávila Álvarez en 1916 se demolieron la sacristía y la capilla de San José para crear el llamado “Pasaje de la Revolución”, forma desacertada de perpetuar una atrocidad con el nombre de “La Revolución”.
Preside la catedral , sobre el presbiterio, el “Cristo de la Unidad” que labró el escultor madrileño Ramón Lapayase del Río en el año de 1965 por encargo del segundo arzobispo de Yucatán don Fernando Ruiz Solórzano. El Cristo es de 7.65 metros de estatura en madera de abedul y descansa sobre una cruz de caoba que mide doce metros desde el piso. Se trata de un Cristo agonizante con los clavos en las muñecas y no en las palmas de la mano, como consta en la Sábana Santa; mientras los pies están sujetos por un solo clavo. Fue el propio don Fernando Ruiz Solórzano quien lo llamó “Cristo de la Unidad” y tutela la catedral y a los fieles, en lugar del antiguo retablo destruido por la barbarie.
Durante la Colonia, las parroquias estaban divididas por “castas”: El Sagrario-Catedral, para españoles o blancos; la del Santo Nombre de Jesús, para negros o pardos, como lo había sido la ermita de Santa Lucía; la de Santiago, para indios de barrio y criados de españoles y la de Guadalupe o San Cristóbal, para indios de las afueras de la ciudad.
